În ziua prăznuirii martiriului Sfântului Proroc Ioan Botezătorul vineri, 29 august 2014, Biserica Mănăstirii Troianu își va sărbători ocrotitorul.
Biserica cu hramul „Tăierea Capului Sf. Ioan Botezătorul”, datând din secolul al XVIII-lea și casa stăreției au fost refăcute de Hrisant Penetis (Hurezeanul), egumenul Mănăstirii Hurezi, între anii 1840 și 1842, ca metoh al Mănăstirii Hurezi, pe un teren al acestuia, invecinat cu proprietatea Mănăstirii Bistrița. Întregul teren din zonă, cu mult mai mare decât cel pe care se află complexul monahal de astăzi, a aparținut celor două mănăstiri vâlcene.
În vara și toamna anului 1848, cu asentimentul autorităților eclesiastice, aici s-a aflat comandamentul militar al armatei de panduri și voluntari condusă de generalul Gheorghe Magheru.
La secularizarea averilor mănăstirești, efectuată prin legea din 1864, schitul Troianu a fost trecut în proprietatea statului, devenind metoh al Mănăstirii Hurezi. Ulterior, din martie 1949 intră în stăpânirea statului comunist.
Până în anul 1972, biserica, turnul clopotniță, casa stăreției și terenul aferent au aparținut de I.A.S. Rm. Vâlcea. Casa stăreției fusese transformată în depozit, foișorul și pridvorul dărâmate, iar biserica devenise grajd pentru vite. Și toate acestea în condițiile în care fostul schit de la Troianu figura din iulie 1966 pe lista monumentelor istorice protejate de stat.
Între anii 1972 și 1975, întregul complex de clădiri a fost restaurat de Comitetul de Cultură și Educație Socialistă Vâlcea. Din 18 octombrie 1973, monumentul istoric a fost transferat în administrarea Muzeului Județean Vâlcea, fiind numit la acea vreme, „Casa Magheru”. După restaurare, aici a fost amenajat Muzeul „General Gheorghe Magheru”. Aflat într-o zonă periferică a orașului, muzeul a avut un flux mic de vizitatori, cu mult sub cheltuielile de salarizare a personalului și de întreținere a clădirilor.
După anul 2002, mănăstirea a fost restaurată. Pe 15 iulie 2008, la inițiativa părintelui Arhim. Sava Pleșa, vrednicul de pomenire Înaltpreasfințitul Arhiepiscop Gherasim a pus piatra de temelie a noii biserici cu hramul „Izvorul Tămăduirii”.
